در برخی مواقع تزریق واکسن به کودکان مجاز نمیباشد . و بایستی یا تزریق به تعویق بیفتد و یا اینکه بطور کلی انجام نگیرد . -در مواردی که كودک تب دارد یا مبتلا به بیماریهای حاد است تا رفع تب و بیماری تزریق واكسن سه گانه را بایستی به عقب انداخت . - در مواردی که كودک مبتلا به آلرژی شدید و یا مشکلات و عوارض مغزی و عصبی می باشد تزریق واکسن بایستی با احتیاط و با نظر پزشک كودكان انجام گیرد - واكسن دیفتری برای كودكانی كه سابقه بیماریهای مزمن عفونی، مشکلات عصبی، تشنج ، ضایعات مغزی و یا سابقه خانوادگی امراض عصبی را دارند جایز نمیباشد . در هر مورد، پزشک متخصص كودكان بایستی درمورد استفاده از واكسن تصمیم گیری کند . -درمورد بیماریهای اختلالات سیستم ایمنی ، چه اولیه و چه اكتسابی مانند لوسمی ( سرطان خون) و غیره واكسنهای ویروسی زنده و واكسن ب ث ژنبایستی دریافت گردد . بهترین زمان برای دریافت واكسن ب. ث . ژ بدو تولد است ،که بعد از آن تا 2 ماهگی بدون انجام تست مانتو و پس از دو ماهگی با انجام تست مانتو و در صورت منفی بودن آن بایستی ب . ث . ژ تزریق کرد . - تنها واکسن سیاه سرفه محدودیت سنی دارد و درصورت عدم سابقه تزریق این واکسن باید با برنامه عمل شود . - بدلیل ریشه كنی ، آبله در جهان ،واکسن آن نیز دیگر توصیه نمیشود. -در افراد مبتلا به هموفیلی واكسن هپاتیت B بایستی بصورت زیر جلد تزریق گردد . اقشار در معرض خطر برای واکسیناسیون هپاتیتB شامل دانشجویان پزشكی ، جراحان ، پزشكان ، پرستاران ، دندانپزشكان ، كمك دندان پزشكان، بیماران تحت دیالیز ، كارشناسان و تكنسین های آزمایشگاه های تشخیص طبی و . . . میباشد . برنامه واکسیناسیون كودكان نارس وكم وزن هم برطبق جدول واکسیناسیون عادی صورت میگیرد و تجویز بموقع واكسنها توصیه می شود . اسهال یا سرماخوردگی مانع از انجام واکسیناسیون نخواهد بود. سوء تغذیه نیز مانعی برای اجرای تزریق واکسن نیست ، بلكه ایمن سازی بموقع كودكان مبتلا به سوء تغذیه اكیداً توصیه میشود .